El año anterior a su muerte, 1689, Margarita tiene una salud muy precaria, pero a pesar de ello el Señor le pregunta: «¿Quieres acompañarme en la cruz?» y ella le responde: «No se puede perder un momento de sufrimiento, porque no se puede amar sin sufrir». Y de durísima cruz fueron los seis primeros meses del año, en los que más de una vez parece que va a expirar. Pero todo ello no le impide atender a todas las actuaciones que le exigen las solicitudes para la expansión de la devoción: visitas al locutorio, cartas, recomendaciones, etc
Pero también el Señor le concede los medios para ayudar a expandir la devoción y le proporciona un corresponsal entre los teólogos que el padre la Colombière había formado en Aviñón, el padre Jean Croiset, S.J. Este padre le hace confidente de sus deseos apostólicos, le pide consejo y se le somete dócilmente, Margarita le exhorta, le instruye y le dice lo que debe hacer para glorificar al Sgdo. Corazón. Su empeño es transformarlo en un apóstol eficaz del divino Corazón. El padre Croiset hace una visita a Paray donde conoce a la Hna. Margarita. Él va allí con el padre Villette, compañero suyo de teologado y son recibidos por Margarita, pero se llevan una gran decepción pues ella les acoge muy tímidamente y sin apenas diálogo y deciden regresar. Pero al día siguiente deciden ir por separado a ver a la Hna. Margarita y todo cambia, especialmente el diálogo con el padre Croiset. Ambos se vuelven a Lyon, ganados para siempre por el divino Corazón, primero el padre Croiset, confirmado como apóstol del Divino Corazón. En los próximos meses, entre abril de 1689 y agosto de 1690, la Hna. Margarita le escribirá al jesuita diez cartas conocidas como las cartas de Avignon, en las cuales Margarita le expone todo lo recibido por el divino Corazón y todo lo necesario para que la devoción a este Sagrado Corazón se conozca y se expanda por todo el mundo.
Pero el Señor ya le había dicho a Margarita que continuaba con su cruz y el viernes santo de 1690, año de su muerte, se lo volvió a preguntar. Pero esta vez la cruz no se la esperaba Margarita, pues el día de la Ascensión finalizaba el período de superiorato de la M. Merlín, y no pudiendo ser reelegida las hermanas presentan entre las candidatas a la Hna. Margarita. Ésta se queja al Señor: «Os pido, Señor, la gracia de alejar de mí esta cruz, y me someto a cualquier otra». Nuestro Señor, esta vez se rinde y sale elegida la madre Catalina Antonieta, que confirma a la Hna. Margarita en su cargo de asistente.
Salida de Paray la devoción se extiende a través de los monasterios de la Visitación, llegando a Inglaterra avivando allí los gérmenes plantados por el padre La Colombière, pasando también a Francia, Italia, Saboya, Polonia y Canadá. Varios obispos conceden misa propia a esta devoción en sus diócesis y se expanden por doquier libros y miles de estampas. Todo ello en tan solo cuatro años, después de pasar diez años de silencio, en los que se confirmaba aquella aseveración que dijo el mismo Sagrado Corazón a Margarita: que los devotos del Sagrado Corazón tendrían que sufrir mucho, pero que al final: «Reinaré a pesar de mis enemigos».
Faltan pocas semanas para que muera Margarita y ocurre un hecho extraordinario. Una hermana conversa, recién entrada en el monasterio se hiere en una pierna con un hacha y teme que la despidan. Después de algunas semanas en que no se cura, se le ocurre pensar que la hermana Margarita tiene fama de santa y un día llena de confianza se le acerca y toca con su pierna la parte inferior de su hábito. Siente en seguida que la herida mejora y al poco tiempo está completamente curada. Contenta va a contárselo a la hermana Margarita y ella le suplica: «Haga el favor de callarse». Y esto se mantuvo en silencio hasta su muerte.
La gran apóstol del Sagrado Corazón está llegando al final de su vida. Contaba solamente cuarenta y tres años, pero sus largas y penosas enfermedades y sus continuas mortificaciones interiores y exteriores le hacían ir ya muy achacosa y parecía una anciana. Con mucha caridad la nueva superiora le prohibió todas sus austeridades y las Horas Santas que personalmente hacía. Ella lo aceptó dulcemente. Era junio de 1690. En los últimos momentos tuvo la alegría que su hermano Crisóstomo, párroco de Bois-Sainte-Marie, dedicó una capilla de su parroquia al Sagrado Corazón de Jesús. Ya no sería el jardín del monasterio de Paray, el único lugar donde se veneraría al divino Corazón.
Conservaba en su armario un cuaderno manuscrito con su autobiografía que el padre Rolín S.J., su director espiritual los últimos años, le obligó a escribir y prohibiéndole que lo quemase, pero Margarita, consideró que, a su muerte, ya quedaba liberada de dicha promesa y ordenó a una de sus novicias que lo quemase todo. Gracias a la M. Superiora se conservan aún las páginas amarillentas escritas por la santa.
Cuando cayó enferma, ocho días antes de morir, le obligaron a ir a la enfermería y llamaron al médico de la comunidad, el cual examinó el mal y no le dio importancia. Ello hizo creer a la comunidad que la Hna. Margarita no moriría por causa de esta enfermedad, pero ella era consciente de su próxima muerte.
El día 17 de octubre de 1690, Margarita dejaba oír a sus hermanas el siguiente anuncio: Ecce Sponsus venit. Nadie se lo creía, pero Margarita se lo confirmó a su superiora.
Sin embargo, Margarita intuía que su divino Esposo le haría sentir hasta el final el peso abrumador de la santidad de justicia que durante toda la vida le había acompañado. En medio de una admirable paz se siente atacada por extraordinarios espantos a la vista de los terribles juicios de Dios, le hacen temer por su salvación y pide auxilio a la misericordia del Sagrado Corazón, que tras esta dura prueba la tranquiliza y la hace descansar en su Corazón.
