El 3 de septiembre el papa Francisco llegó a Yakarta en la primera etapa de su largo viaje apostólico a Asia y Oceanía, el más largo y lejano de todo su pontificado. Tras la ceremonia de bienvenida en el exterior del palacio presidencial «Istana Merdeka», que tuvo lugar al día siguiente de su llegada, el Papa realizó una visita de cortesía al presidente de la República, Joko Widodo, y después se encontró con las autoridades, la sociedad civil y el cuerpo diplomático indonesio en el mismo palacio presidencial y, en privado, con los miembros de la Compañía de Jesús en la Nunciatura Apostólica. Por la tarde el Pontífice se reunió con los obispos, sacerdotes, diáconos, consagrados, seminaristas y catequistas en la catedral de Nuestra Señora de la Asunción, donde comentó el lema elegido para esta visita apostólica: «Fe, fraternidad, compasión». Conmovido por el testimonio de una catequista, el Papa afirmó, de forma espontánea, que «a la Iglesia la llevan adelante los catequistas. Los catequistas son aquellos que van al frente, que siempre van al frente. Luego vienen las religiosas –inmediatamente después de los catequistas–; le siguen los sacerdotes y el obispo. Sin embargo, son los catequistas los que van “siempre al frente”, son la fuerza de la Iglesia». Al final de la tarde el Santo Padre se encontró con los jóvenes de Scholas Occurrentes con los que conversó y respondió a sus preguntas. En su tercer día en Indonesia, el Papa participó en un encuentro interreligioso en la mezquita «Istiqlal», se reunió con diversas organizaciones caritativas en la sede de la Conferencia Episcopal Indonesia y, ya por la tarde, presidió la santa misa en el estadio «Gelora Bung Karno», donde más de 100.000 fieles abarrotaron el estadio y sus aledaños para mostrar su cercanía al Pontífice. En la homilía el Santo Padre hizo hincapié en las dos actitudes fundamentales que debemos vivir para ser capaces de ser discípulos de Jesús: «La primera actitud es escuchar la Palabra y la segunda es vivir la Palabra».
El 6 de septiembre la comitiva papal partía de Yakarta hacia Port Moresby, capital de Papúa Nueva Guinea, y al día siguiente, tras una visita de cortesía al gobernador general, Robert Dadae, el Papa se encontró también aquí con las autoridades, la sociedad civil y el cuerpo diplomático de este país. Por la tarde visitó a los niños de una escuela secundaria técnica de Cáritas, a quienes habló de amor a Dios y al prójimo: «Nosotros debemos concentrar todas nuestras fuerzas dirigiéndolas hacia una meta, que es el amor a Jesús –y, en Él, a todos los hermanos y hermanas que encontramos en el camino–, para luego con impulso colmar todo y a todos con nuestro afecto». El obispo de Roma acabó el día reuniéndose, en el santuario de María Auxiliadora, con los obispos, sacerdotes, diáconos, consagrados, seminaristas y catequistas que trabajan en Papúa Nueva Guinea y en las Islas Salomón, ante quienes hizo referencia a tres aspectos del camino cristiano y misionero –«la valentía de empezar, la belleza de existir y la esperanza de crecer»– y los animó a seguir su labor con «el estilo de Dios», el estilo de «la cercanía, la compasión y la ternura».
El domingo 8 de septiembre, el Santo Padre visitó al primer ministro, Hon James Marape, en la Nunciatura Apostólica y posteriormente presidió la santa misa en el estadio «Sir John Guise» bajo un radiante sol y ante más de 35.000 fieles venidos de las diferentes islas del país oceánico. En su homilía el Papa habló de la existencia de «una sordera interior y un mutismo del corazón que dependen de todo aquello que nos encierra en nosotros mismos, que nos cierra a Dios, nos cierra a los demás (…) y nos aleja de Dios, de los hermanos y también de nosotros mismos; y nos aleja de la alegría de vivir». Ante esta lejanía, resaltó el papa Francisco, Dios responde con la cercanía de Jesús. «Ustedes que habitan en esta tierra tan lejana, –concluyó– tal vez tienen la impresión de estar separados, separados del Señor, separados de los hombres, y esto no es así, no: ¡ustedes están unidos, unidos en el Espíritu Santo, unidos en el Señor! Y el Señor dice a cada uno de ustedes: “Ábrete”. Esto es lo más importante: abrirse a Dios, abrirse a los hermanos, abrirse al Evangelio y hacer de él la brújula de nuestra vida. También a ustedes hoy les dice el Señor: “¡Ánimo, no temas, pueblo papú! ¡Ábrete! Ábrete a la alegría del Evangelio, ábrete al encuentro con Dios, ábrete al amor de los hermanos”».
Tras la celebración eucarística el Papa tomó de nuevo el avión para pasar la tarde en Vanimo, capital de la provincia de Sandaun en el noroeste de Papúa Nueva Guinea, donde se reunió con los fieles de esa diócesis –animándoles a seguir promoviendo el anuncio misionero y embellecer cada vez más esa tierra venturosa con su presencia de Iglesia que ama– y, en privado, un grupo de misioneros en la escuela de Humanidades «Santísima Trinidad».
Al día siguiente, ya de vuelta a Port Moresby, el Papa se reunió con los jóvenes de nuevo en el estadio «Sir John Guise», –a quienes exhortó a no ser indiferentes y a levantarse cada vez que se caigan–, para después despedirse ya de Papúa Nueva Guinea y puso rumbo a Timor Oriental, donde fue recibido a media tarde en Dili, su capital, y visitó al presidente de la República, José Ramos-Horta, y también se reunió con las autoridades, la sociedad civil y el cuerpo diplomático.
El martes 10 de septiembre el obispo de Roma visitó a niños con discapacidad de la escuela «Irmãs Alma», hablándoles del «sacramento de los pobres» y regalándoles una figura de san José, que «cuida a la Virgen y la Virgen cuida a Jesús», se reunió con los obispos, sacerdotes, diáconos, consagrados, seminaristas y catequistas en la catedral de la Inmaculada Concepción, animándoles a custodiar y difundir el perfume de Cristo y de su Evangelio, y se encontró, en privado, con los miembros de la Compañía de Jesús en la Nunciatura Apostólica.
Ya por la tarde, el Papa presidió una multitudinaria Eucaristía en la explanada de Tasitolu a la que acudieron 600.000 timorenses. En su homilía el Santo Padre les animó a no tener miedo a hacerse pequeño ante Dios y los unos frente a los otros, a no tener miedo de perder la vida y les advirtió del peligro de los «cocodrilos que quieren cambiarles la cultura, que quieren cambiarles la historia. Manténgase fieles. Y no se acerquen a esos cocodrilos porque muerden, y muerden mucho». Al día siguiente, las últimas horas del Papa en Timor Oriental las pasó con los jóvenes, a los que dio dos consejos: «hacer lío» y respetar y escuchar a los ancianos. Ya por la tarde el papa Francisco llegó a Singapur, donde se reunió, en privado, con los miembros de la Compañía de Jesús en el centro de retiros San Francisco Javier. Al día siguiente tuvieron lugar de nuevo la protocolaria ceremonia de bienvenida, la visita al Presidente de la República, Tharman Shanmugaratnam, y el encuentro con las autoridades, la sociedad civil y el cuerpo diplomático de este país asiático. La jornada terminó con la celebración eucarística en el estadio nacional de «SportsHub», a la que acudieron más de 50.000 fieles y en la que el Papa volvió a hablar del amor, del «amor que construye» y está detrás de toda obra buena, de un amor del que el hombre es capaz porque en su raíz está Dios.
En el último día de viaje, 13 de septiembre, el Papa empezó la jornada visitando a un grupo de ancianos y enfermos en la «Casa Santa Teresa», a quienes instó a rezar por el Papa, por la Iglesia y por la humanidad porque su oración es muy importante ante Dios. Posteriormente tuvo lugar un encuentro interreligioso con los jóvenes y ya se despidió de «la perla de Asia» para regresar al Vaticano