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No existe fuente alguna que señale el día de su nacimiento de forma expresa. Los indicios que expone en sus obras estriban en una breve referencia a la actitud de los paganos de Alejandría hacia los cristianos en la persecución de Diocleciano y Graciano, y a una exigua noticia alusiva al martirio de algunos maestros suyos en dicha persecución. La primera de estas fuentes se halla en el capítulo 64 de la Historia arrianorum ad monachos. Allí Atanasio menciona la primera fase de la persecución de Diocleciano como algo que no puede recordar por sí mismo. La frase es: «He oído contar a mis padres que en los tiempos en que la persecución comenzó, algunos paganos sustrajeron a nuestros hermanos cristianos de las pesquisas de sus enemigos, sacrificando incluso sus bienes o afrontando la prisión antes que traicionarlos». Si se tiene en cuenta que un nuevo período persecutorio comienza en Oriente, tras las abdicaciones de Diocleciano y Maximiano el 1 de mayo de 305, que se caracteriza por el mayor rigor de las medidas represivas adoptadas por el augusto Galerio y su césar Maximino Daia, se infiere de este texto que el futuro Atanasio no había llegado al uso de la razón entre el 24 de febrero de 303 y el 1 de mayo de 305. En la primera fecha se publica el edicto más antiguo de Nicomedia que supone el inicio legal de la persecución de Diocleciano. La segunda fecha es la de las abdicaciones de Diocleciano y Maximiano.
Así pues, Atanasio pertenece en 305 a la categoría jurídica de los «infantes». Ellos son definidos por el Derecho Romano antejustinianeo por aquellos «qui fari non possunt», correspondiendo esos vocablos a quienes no son capaces de hablar con criterio y juicio.
Otra noticia indirecta de Atanasio de Alejandría sobre su niñez se encuentra en el capítulo 56 de De Incarnatione. En ese fragmento afirma que algunos de sus maestros murieron en la persecución. Si consideramos que Atanasio se refiere a algunos miembros del Didaskaleion, ese centro de enseñanza sufre las disposiciones represivas de Maximino Daia en el bienio 311-312. En ellas sucede el sacrificio del obispo san Pedro de Alejandría, mártir de la persecución en 311, por consiguiente, Atanasio aún sería un catecúmeno en 312, fecha en la que concluye la represión del cristianismo por Maximino Daia a instancias de Constantino. Otras señales acerca de su nacimiento se extraen de la acusación de los melecianos a Atanasio según la cual, en 328, al ser elegido obispo, no cumplía la edad reglamentaria ni siquiera para el presbiterado, pues en dicha época se situaba en los treinta años, fundándose en el ejemplo evangélico de la edad de Cristo al bautizarse en el Jordán y empezar así su vida pública.
Según estos testimonios se afirma que Atanasio nació entre los años 300 y 305, y se pretende descartar la fecha de 296-298 que le aplicó la Iglesia copta en el siglo v.
Se dice que procedía de una familia prominente y acomodada, y ello no se contradice con los escasos detalles que pueden recogerse en los escritos del santo. Estos escritos indudablemente suministran evidencias acerca de la educación que se le daba, que en gran medida, era sólo para los niños y jóvenes de clases altas, gramática, retórica y filosofía, en su famosa Didaskaleion.
La Alejandría de su mocedad era un epítome, intelectual, moral y políticamente, de ese étnicamente polícromo mundo greco-romano en el que la Iglesia de los siglos iv y v estaba comenzando, con conciencia imperturbada, después de casi trescientos años de propagandismo incansable, a percibir claramente su supremacía. En aquellos tiempos, Alejandría era el centro de comercio más importante de todo el Imperio, superior a Roma, a Constantinopla, a Antioquia o a Marsella.
Haber nacido y haberse criado en tal atmósfera de cristianismo filosofante era, a pesar de los peligros que implicaba, la más oportuna de las educaciones; y hay abundante evidencia en los escritos del santo de la pronta respuesta que todas las mejores influencias del lugar deben haber encontrado en el corazón y la mente del muchacho en desarrollo.
