Aunque el primer encuentro entre san Juan de Ávila y la novicia Ana de Jesús fue momentáneo en el recién creado carmelo de Mancera en noviembre de 1570, la relación entre ambos, que marcó especialmente a la madre Ana de Jesús, fue en la época en que del santo llevó la dirección espiritual del carmelo de Beas, en Jaén, y después en el carmelo de Granada, entre los años 1578 a 1586, cuando el santo estaba con cargos en Andalucía y la madre era priora de los conventos mencionados.
Estando en el convento de carmelitas descalzos de El Calvario, próximo a Beas, el santo dirigió a las monjas de dicho monasterio y, como directorio para ellas les dedicó un grabado junto un poema que les mostraba el mejor camino para llegar a Dios: La subida al Monte Carmelo. También en su estancia en Beas, la madre Ana de Jesús recibió, dedicado a ella, de san Juan de la Cruz, el bello cántico que el santo había compuesto en la cárcel de Toledo: El Cántico espiritual. Ana de Jesús fue una verdadera hija espiritual de san Juan de la Cruz. Esta relación tan espiritual entre el santo y la madre continuó durante años, cuando fundaron, en 1586, el carmelo de Madrid.
Pero la nominación del padre Nicolás de Jesús Doria al provincialato de los descalzos, en 1585, empezó a producir cambios en la Orden tras el capítulo de Madrid de 1588 con la institución en el Carmen de la llamada «Consulta», como gobierno permanente de los frailes y de las monjas, destinada a juzgar todos los problemas de las comunidades, y con poderes para nombrar priores y prioras, predicadores y confesores, disponiéndose así a controlar el destino y la permanencia de los religiosos en cada convento. Ana de Jesús fue consciente de los acontecimientos que se veían venir y de sus dolorosas repercusiones, junto con María de san José, otra hija espiritual dilecta de santa Teresa, encabezó una petición a Roma, al papa Sixto V, para la obtención de un breve, bien llamado Breve Salvatoris, que confirmase para las monjas las leyes, herencia de santa Teresa y que, desde el principio de la reforma, habían aprobado todos los capítulos y todos los superiores de la orden que había tenido la Descalcez. Al año siguiente, a la muerte del papa Sixto V, el papa Gregorio XIV, a solicitud del padre Doria, italiano, aprueba otro breve Quoniam non ignoramus, anulando el anterior.
Estos cambios afectaron sensiblemente a algunos de los más importantes colaboradores de santa Teresa, como san Juan de la Cruz, al que se le deja sin cargo alguno, o el P. Jerónimo Gracián, que, tras ser encerrado, es expulsado de la Orden, a la madre Ana de Jesús que es encarcelada en la celda–prisión del carmelo de Madrid, solicitando ella su reclusión en Salamanca.
En 1604, al permitirse la acción de la Contrarreforma en Francia, Jean de Bretigny y el cardenal Berulle solicitan del general de los carmelitas, para la implantación de la reforma teresiana en su país, algunas carmelitas descalzas. Se aprovecha esta solicitud para enviar a Francia a la madre Ana de Jesús, en un exilio solapado. La madre Ana de Jesús fundó los carmelos de París (1604) y Dijon (1605). Tras un giro galicista que tomó el carmelo en Francia, la hija de Felipe II, Isabel Clara Eugenia, gobernadora de Flandes, reclamó a la misma madre para la fundación del carmelo real, en Bruselas (1607). La madre Ana de Jesús asumió su papel de sucesora de santa Teresa en el exilio hasta su muerte en Bruselas el año 1621.
Dice santa Teresita que a la edad de dieciséis y diecisiete años su alimento espiritual fueron las obras de san Juan de la Cruz y que de ello vivió toda su vida de carmelita, pues veía en ellas la doctrina del amor. Eran unos años difíciles para ella, pues, además de la enfermedad de su padre, su adaptación a la vida del convento de Lisieux no fue fácil con los métodos de la M. María de Gonzaga, que le causaban muchos problemas de conciencia y se preguntaba si su camino carmelitano era el correcto.
En octubre de 1891, en un retiro predicado por el padre Aleix Prou, franciscano, Teresita le abre su alma y él le confirma en su camino de amor, lo cual tranquiliza mucho a la santa y la lanza a seguir en él. Esta confirmación se la repite, años más tarde, el 10 de mayo de 1896 la venerable madre Ana de Jesús, también hija predilecta de san Juan de la Cruz, cuando Teresa la vio en sueños y le preguntó: … «Madre, te lo ruego, dime si Dios me dejará todavía mucho tiempo en la tierra… ¿Vendrá pronto a buscarme…?» Sonriendo con ternura, la santa murmuró: «Sí, pronto, pronto… Te lo prometo». «Madre, añadí, dime también si Dios no me pide tal vez algo [2vº] más que mis pobres acciones y mis deseos. ¿Está contento de mí?» El rostro de la santa asumió una expresión incomparablemente más tierna que la primera vez que me habló. Y me dijo: “Dios no te pide ninguna otra cosa. Está contento, ¡muy contento…! (manuscrito B, 2vº)
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