Mientras tanto, había sucedido un evento inesperado que permitió el retorno de Atanasio, a su sede, con más facilidad de lo que había parecido durante meses. Gregorio de Capadocia, obispo arriano de Alejandría, nombrado en el Concilio de Antioquia, había muerto tras larga enfermedad, en junio del 348. Constancio fue inducido a reconsiderar su decisión respecto a Atanasio debido a una amenazadora carta de su hermano Constante, fiel niceno, y a las ayudas necesarias de éste para la defensa del Imperio Oriental en la frontera con Persia, y optó por ceder.
El vacilante emperador concedió a Atanasio una cortés entrevista y lo envió triunfante de vuelta a su sede, donde pudo recomenzar su reinado durante casi una década. Era el año 349. El recibimiento de Atanasio en su diócesis y en todo Egipto volvió a ser motivo de una gran alegría y con grandes celebraciones. Los fieles podían volver a tener las iglesias y en ellas se hacían celebraciones católicas, que desde hacía más de tres años no se habían podido celebrar.
Durante seis años pudo Atanasio permanecer en su diócesis y hacer una gran labor en todos los rincones de ésta con visitas y predicaciones, sin recibir persecuciones de los semiarrianos, pero éstos no dejaron de continuar su lucha contra la ortodoxia de Nicea, ni contra Atanasio, el gran defensor.
En enero de 350, murió el emperador Constante, fiel niceno y su hermano Constancio, favorable a los semiarrianos, heredó todo el Imperio. Las intrigas del bando eusebiano o antiniceno, pronto se reiniciaron. El papa Julio había muerto en el mes de abril de 352, y el papa Liberio lo había sucedido como Sumo Pontífice. Durante dos años Liberio fue un gran defensor de la causa de Atanasio, y por ello fue enviado finalmente al exilio por el emperador.
Si desde el año 330 el dominio de los arrianos o semiarrianos fue grande en la Iglesia, especialmente en la de Oriente, a partir de 350, en que murió Constante, y Constancio fue emperador de todo el Imperio Romano, el dominio fue aplastante. Se promulgaron muchos concilios, intentando conciliar posturas de Oriente y Occidente, dos concilios en Milán, dos en Arlés, en Béziers, tres en Sirmium (Sirmia, Serbia), en Antioquia, en Ancyra (Ancara), en Rimini y en Seleucia y en todos ellos los arrianos consiguieron dominar las asambleas haciendo ceder a la Iglesia Occidental de su fiel apoyo a Nicea. En todos estos concilios Ursace y Valente, jefes del sector antiniceno y sucesores de los Eusebios, consiguieron imponer sus doctrinas antinicenas. Se podía afirmar que el dominio del arrianismo imperaba en toda la Iglesia, pero, aunque muchos obispos cedieron a la presión de Ursace y Valente, que eran también los predilectos del emperador, en el fondo la mayoría de los obispos eran ortodoxos, pero como a los obispos que no se unían a los antinicenos les amenazaban con el destierro, la mayoría firmaron las declaraciones que salían de dichos concilios. En Occidente la máxima figura era Hilario de Poitiers, muy niceno y amigo de Atanasio, que también fue exiliado, pero ayudó mucho a mantener la ortodoxia en Occidente a pesar de su exilio.
En el 355 se llevó a cabo un concilio en Milán, en el que, pese a la vigorosa oposición de un puñado de prelados leales entre los obispos occidentales, se anunció al mundo una cuarta condena de Atanasio. Con sus amigos dispersos, el obispo Osio, con 98 años, en el exilio y el papa Liberio, desterrado en Tracia, acabaron cediendo después a las presiones, aceptando una de las fórmulas semiarrianas redactadas en uno de los concilios de Sirmium, y al papa Liberio se le permitió volver a Roma, donde había sido nombrado papa como substituto de Liberio, un archidiácono antiniceno llamado Félix, en el año 357. Osio murió en el exilio a la edad de 99 años.
Atanasio difícilmente podía esperar escapar. En la noche del 8 de febrero del 356, mientras oficiaba los servicios en la iglesia de Santo Tomás, una banda de hombres armados irrumpió para asegurar su arresto. Atanasio apoyado por sus fieles consiguió huir por la sacristía (Apol. De Fuga, 24), lo cual fue el comienzo de su tercer exilio. (3º exilio). Atanasio, tras permanecer unos días en la ciudad escondido huyó a la Cirenaica.
Durante estos años en el semiarrianismo se crearon dos grupos principales, los anomeos, que eran arrianos intransigentes, y los que aceptaron creer que el Hijo era semejante, homoiousius, al Padre, no igual, homoousius.
Durante estos siete años Atanasio pudo presidir su diócesis sin participar en todos estos concilios dominados por los antinicenos, pero cuando apareció Basilio de Ancira, con la idea de la semejanza, homoiousius, se alegró mucho y dio gracias a Dios al ver un cambio en la postura arriana, pues era una postura muy próxima al término niceno.
Toda esta situación duró mientras vivió Constancio, que murió en 361, y le sucedió Juliano, el apóstata.
