La Compañía de Jesús no fue fundada como una orden educativa. Su misión fundamental, como se expresa en la Fórmula del Instituto, era la de una entrega total a Dios por medio del servicio total a la Iglesia: ser enviados en misiones por el Vicario de Cristo, sustentándose de las limosnas y sin lugar permanente de residencia. Los ministerios debían ser sacerdotales: sobre todo la predicación, y luego la enseñanza del catecismo, la administración de sacramentos, la práctica de las obras de caridad. Los ministerios que Ignacio y sus primeros compañeros tenían en mente requerían, sin embargo, hombres bien formados. Cuando buscaron que otros se les uniesen en sus labores apostólicas, pensaron en jóvenes con una vida espiritual sobresaliente que poseyesen también una formación sólida en humanidades, filosofía y teología. Muy pronto resultó evidente que tales hombres no se encontraban con facilidad, y que, si se encontraban, con frecuencia no estaban capacitados para la vida de la Compañía. Por ello, ya hacia 1539 los primeros compañeros habían decidido aceptar jóvenes que todavía necesitaban más formación intelectual, y obtuvieron el permiso del Papa para establecer colegios cercanos a famosas universidades en Europa, como habían hecho otras órdenes religiosas. Pero las Constituciones de la Compañía no permitían conseguir las rentas fijas necesarias para su mantenimiento y tuvieron que cambiarse las Constituciones para ello. El primer colegio que se creó fue el de París (1540), pero en él solo recibían formación religiosa e iban a los cursos de la Sorbona. El primer colegio fundado fue el de Coímbra, con una donación del rey de Portugal, Juan III, en 1542. Luego se abrieron otros en Padua, Lovaina, Colonia y Valencia, pero los resultados no fueron satisfactorios, pues no había un sistema pedagógico o educativo homogéneo. Ignacio decidió entonces preparar jesuitas para enseñar y fundar colegios con escolares pro-pios. También Francisco Javier había abierto uno en Goa, solicitado por las autoridades portuguesas. En 1545 Francisco de Borja fundó un colegio en Gandía, con alumnos internos, en su mayoría moriscos. Tras un año de la fundación, fue tal el éxito de éste que muchos vecinos del lugar solicitaron la entrada en el mismo e Ignacio permitió que el colegio funcionara con alumnos externos, es decir que no vivían en el colegio. Fue el primer paso de los colegios. El paso final llegó tres años después en Sicilia (1548),cuando el senado de Mesina solicitó jesuitas que fundasen un colegio abierto, dedicado a jóvenes que necesitaban educación. Ignacio asintió y envió a diez jesuitas cuidadosamente seleccionados, entre ellos Pedro Canisio y Jerónimo Nadal. De este modo nació el primer colegio jesuita destinado primariamente a externos, que fue conocido como primum ac prototypum y donde comenzó a formarse el plan de estudios que luego se llamó ratio studiorum. San Ignacio siguió muy de cerca la elaboración de las Constituciones del primer colegio propiamente dicho de la Compañía de Jesús y mandó seguir las instrucciones dadas por el padre Nadal, quien compuso las Constituciones del colegio de Mesina y las envió a Roma para que las aprobaran. Con ellas se fundó el colegio de Roma. En 1556, tras la muerte de Ignacio, se impuso la prioridad apostólica de los colegios y las universidades, como formuló Juan Polanco. Éste afirmó que Ignacio deseaba que «los colegios se multipliquen más que las casas» y que «no le importaba aceptar grandes cambios en el interior de la Compañía para hacer sitio al compromiso educativo».La ratio había de ser común a todos los colegios y universidades jesuitas en muchos sitios hasta después de la segunda guerra mundial. Tres raíces, que reflejaban la propia formación de Ignacio y de los primeros jesuitas, alimentaban esta ratio studiorum: la tradición formativa escolástica, humanismo flamenco y humanismo italiano. Por un lado, resultado de la experiencia común de todos ellos, ejercía un fuerte influjo el modus parisiensis, es decir, la forma escolástica de enseñar y aprender usada en la Sorbona; por otra parte, los trazos procedentes del modelo humanista introducido en algunos colegios de París, que frecuentó Ignacio desde 1530, que seguía las orientaciones de los Hermanos de la Vida Común, la corriente de la devotio moderna de los Países Bajos, que Ignacio ya conocía profundamente tras su prolongado contacto con el monasterio de Montserrat, foco de irradiación de la devotio en la Corona de Aragón. En la Ratio influyó, por último, el modus italicus, propio de la tradición humanista italiana, que ponía el acento en el estudio positivo de los Padres de la Iglesia y la lectura de la Escritura. En el núcleo original de la invención renacentista de los primeros colegios y universidades jesuitas, Ignacio no solo dio importancia a documentos que finalmente quedarían reflejados en las ratio de 1586 y 1599, sino que su estrategia pasó por la sustitución de Mesina por el colegio romano como modelo prototypum del sistema educativo jesuita. Fue allí donde un colegio y universidad jesuita, el colegio romano, futura Universidad gregoriana, acabó de configurarse como lugar de producción y de difusión del saber, y no solo como centro de transmisión (educativa). La modernidad expansiva del siglo XVI alcanzó un logro destacable gracias a los centros educativos jesuitas.
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