La captura de Campion fue el gran logro del Gobierno de Cecil. Todo el mundo tenía que enterarse de ello y para el viaje del prisionero a Londres se preparó un letrero que le colgaron al cuello en el que se leía: Campion, el jesuita sedicioso. Así llegaron a la Torre de Londres donde se alojó. Siendo un prisionero de la mayor importancia fue tratado con extrema dureza. Así pasó los cuatro primeros días.
Al cabo de ellos se abrió la celda y fue conducido con gran vigilancia y llevado en barco río arriba a Leicester House. Así lo entraron en el palacio y lo llevaron a presencia de la reina Isabel, de Leicester y dos secretarios de Estado. Un encuentro singular: después de cuatro años de una gran relación, la situación había cambiado. Campion se había transformado de la gran esperanza de la Iglesia anglicana en el gran defensor de la Iglesia católica. ¿Habría aún posibilidades de cambiar su fe?
Tras las primeras preguntas sobre sus intenciones en su visita a Inglaterra, sobre las instrucciones de Roma, que él respondió que eran únicamente espirituales, para salvar almas, habló la reina: ¿la reconocía o no como reina? Campion replicó que sí que la reconocía por reina y gobernante y se sujetaba obedientemente a ella en todos los asuntos temporales citando el versículo de dar al César lo que es del César. Pero los políticos presentes no estaban dispuestos a debatir la ley canónica y le expresaron que el único delito que veían en él era ser papista, y le presentaron una propuesta: olvidar los últimos diez años y podría volver a ascender si apostataba de su fe y volvía al anglicanismo. Ante la negativa de Campion fue devuelto a la Torre y firmaron la sentencia de ponerlo bajo tortura. Hasta diciembre en que fue llevado a Tyburn para su ejecución sólo salió de la celda para ser presentado a la Conferencia de los clérigos anglicanos y para su juicio en noviembre. En este tiempo aparecieron todos los bulos: que había hablado y traicionado a sus compañeros, que se había quitado la vida, que había comprado su seguridad acusando a sus amigos, y por todo el país se empezó a arrestar a católicos por el presunto testimonio de Campion. Los protestantes se burlaban de los católicos por la traición de su amigo, pero su aparición en las Conferencias y en el juicio volvió a tranquilizarles, ya que vieron su fortaleza y su antigua constancia indeclinable. Las torturas que le aplicaron, especialmente el potro, le dejaban muy debilitado y tras ellas sufría largos interrogatorios para intentar sonsacarle información. Un funcionario escribía lo que el reo confesaba durante el tormento y al final firmaba lo que había dicho. Campion, no podemos saber si confesó algún nombre durante el tormento, pero nunca firmó ninguna declaración.
Al mismo tiempo, por orden del Consejo tuvieron lugar cuatro disputas o conferencias teológicas organizadas por el obispo de Londres, para contrarrestar los escritos de Campion. Sin avisarle previamente, después de los tormentos se le sacaba de la celda, junto con otros prisioneros católicos y debía enfrentarse a una pléyade de teólogos anglicanos, en presencia de miembros de la Corte y del Consejo. Entre el público había algunos católicos que tomaban nota para conocimiento de los sacerdotes católicos y fieles. Su salud lógicamente era débil y un testigo católico informa que su «cara estaba descolorida, su memoria destruida y su fuerza mental casi por completa extinguida». Campion replicó protestando contra la manifiesta disparidad de condiciones del debate y la privación de sus textos y papeles. En las cuatro conferencias se debatió sobre el escrito Diez razones, pero Campion no podía iniciar ninguna disputa, sólo responder. El debate duraba todo el día y los teólogos protestantes alardeaban de «cómo zarandeaban al jesuita». La cuarta sesión se añadió al final porque el Consejo no quedó contento con lo obtenido en las tres anteriores y acusaron a Campion de «hombre desnaturalizado de su país, degenerado de la condición inglesa, apóstata de su religión, fugitivo del reino, desleal a su reina». La gente, aburrida con las discusiones sobre la justificación por la sola fe y la sola Escritura, quería marcharse, pero el presidente ordenó cerrar las puertas. Cecil, el canciller, ordenó cesar en las discusiones y dejaron a Campion en paz para prepararse a morir.
El Consejo de obispos anglicanos había decretado su muerte, pero debía buscarse una razón de traición y se obtuvo con la acusación de que Allen, Morton, Persons y Campion habían urdido una conspiración para asesinar a la reina Isabel, en Roma, en abril del año anterior y para ello los dos últimos habían ido a Inglaterra. En el último momento, a esta acusación se añadieron los nombres de todos los sacerdotes que estaban en la prisión. El juicio fue el día 20 de noviembre y la salud de Campion era tal que en el momento del juramento no pudo levantar el brazo. El burdo juicio determinó la condena a muerte para todos los acusados.